怀孕40天药流是否能够流干净，具体取决于很多因素，包括个人体质、药物使用情况、医生的建议等等。药流是一种药物流产的方法，通常使用米非司酮等药物来促进子宫收缩，使妊娠组织脱落，以达到终止妊娠的目的。

在药流的过程中，药物可能会导致子宫收缩，从而促进妊娠组织脱落。然而，药物流产的成功率因人而异，具体的效果可能因个体差异而有所不同。

在进行药流之前，建议您咨询专业医生，进行详细的检查和评估，以确保您的身体状况和药物流产的可行性。医生会根据您的具体情况，为您制定具体的治疗方案，并监测药物流产的进展情况。

在进行药物流产时，您可能需要遵循医生的建议，包括服药的时间、剂量和方式。在药物流产的过程中，您可能会经历一些不适症状，如阴道出血、腹痛等。这些症状可能是药物流产的正常反应，但如果您有任何不适或异常症状，请及时向医生寻求帮助。

总之，怀孕40天药流是否能够流干净，具体取决于很多因素。在进行药物流产之前，建议您咨询专业医生，并遵循医生的建议和治疗方案。