自然流产是指妊娠早期（通常发生在12周内）的胎儿死亡，导致子宫内膜脱落和子宫腔排出的过程。判断自然流产是否干净，通常需要进行以下步骤：

1. 观察阴道出血：自然流产后，阴道通常会有出血，出血量和颜色因人而异。出血时间通常持续数天到数周。

2. 检查子宫内膜：医生可能会进行子宫内膜检查，以确定子宫内膜是否已经完全脱落。

3. 检查子宫收缩：医生可能会进行子宫收缩检查，以确定子宫是否已经收缩，并排除子宫破裂的可能。

4. 进行血液检查：医生可能会进行血液检查，以确定是否存在流产相关的血液指标异常，如孕酮水平、凝血功能等。

5. 排除其他可能原因：医生可能会进行其他检查，如B超、宫腔镜等，以排除其他可能导致流产的原因，如子宫畸形、子宫肌瘤等。

如果以上检查结果均正常，通常可以认为自然流产已经干净。然而，具体的判断标准可能因个体差异而有所不同，建议在医生的指导下进行检查和评估。