患有心室流出道梗阻的患者因具有特征性临床表现，诊断并不困难。超声心动图检查是一种极为重要的非侵入性诊断方法，对于患有梗阻性和非梗阻性的患者都有帮助。当室间隔厚度≥18mm并伴有二尖瓣收缩期前移时，足以区分梗阻性和非梗阻性情况。心导管检查可显示左心室流出道的压力差，从而明确诊断。此外，心室造影也对诊断有一定的价值。在临床上，胸骨下段左缘有收缩期杂音时，应该考虑到这种疾病。通过观察生理动作或药物对血流动力学的影响，可以帮助诊断。

另外，还需要进行以下鉴别诊断：

(一) 心室间隔缺损：收缩期杂音的位置相似，但是心尖区通常没有杂音。可以通过超声心动图、心导管检查和心血管造影来区分。

(二) 主动脉瓣狭窄：症状和杂音的性质相似，但是杂音的位置较高，并且通常伴有主动脉瓣区的收缩期喷射音，第二心音减弱，还可能有舒张早期杂音。X线检查可以显示升主动脉的扩张。生理动作或药物对杂音的影响不大。左心导管检查可以显示主动脉瓣前后的收缩期压力差。超声心动图可以明确病变的位置。

(三) 风湿性二尖瓣关闭不全：杂音的性质相似，但通常是全收缩期杂音，血管收缩药或下蹲可以使杂音加强，常伴有心房颤动，左心房较大，超声心动图不显示室间隔缺损。

(四) 冠心病心绞痛：与老年人常有ST-T改变和异常Q波，但是冠心病一般没有特征性的杂音，主动脉通常有扩张或钙化，高血压和高血脂较为常见。超声心动图显示室间隔不增厚，但可能有节段性室壁运动异常。