实际上，遗精会受到很多因素的影响，造成遗精后阴茎疼痛的原因也来自生活中的各个方面，大部分患者是由于疾病导致。以下是遗精后阴茎疼痛的原因所在：

1. 在遗精的时候，阴茎压迫的太紧，精液就会在尿道中凝固起来，引起疼痛。

2. 遗精次数频繁，阴茎多次勃起导致肌肉紧张和运动加强，必然导致遗精后阴茎疼痛的现象。

3. 精神上紧张、焦虑、恐惧，会导致肌肉紧张，使得肌肉运动加强，出现遗精疼痛的现象。

4. 日常的性生活不清洁和干净，导致生殖泌尿系感染，也是导致遗精疼痛的一个主要原因。

如果男性朋友长期出现遗精后阴茎疼痛的现象，应及时到正规的男科医院接受检查和治疗，以免疾病发展，给其他病症带来机会。