梗阻型肥厚性心肌病可以在任何年龄出现症状，但最常见的发病年龄是20岁左右。经过心导管检查明确诊断的病例中，在10岁以下仅有10%的病人表现出严重症状，而50岁以上的患者则增加到70%。有些病例的病情可能会多年稳定，但也有一些病例会持续加重。心房颤动发生后，常常会导致充血性心力衰竭或体循环栓塞。未经手术治疗的患者中，约15%在5年内死亡，25%在10年内死亡。大多数患者是突然死亡，仅有少数是因为心力衰竭或感染性心内膜炎。

临床症状明显，并且经过内科药物治疗未见改善的情况下，患者在静息时左心室腔和流出道的收缩压差超过6.6kPa（50mmHg）时，应该考虑进行外科手术治疗，以切除肥厚的心室间隔以解除梗阻。

常用的手术方法有两种：

1. 经主动脉和左心室联合切口心肌切除术。这种手术需要进行胸骨正中切口，应用体外循环结合低温，然后在主动脉根部进行操作，最后停止体外循环。

2. 经主动脉切口心室间隔心肌切除及切开术。手术过程中需要建立体外循环，并采取心肌保护措施，然后在主动脉进行操作，最后停止体外循环。

手术死亡率大约为10%，常见的死亡原因是低心排血量和手术出血。术后约5%的病例会发生完全性传导阻滞，而左束支或右束支传导阻滞的发生率更高。术后长期随诊显示，大约70%的患者生存10年以上，50%的患者生存15年以上。主要死亡原因是充血性心力衰竭或严重心律失常，以及心房颤动引发的脑栓塞或心肌梗塞。相比未进行手术治疗的患者，经手术治疗的患者的猝死率显著减少。