大拇指指甲凹陷（凹凸不平）可能有多种原因。以下是一些可能的解释：

1. 指甲生长异常：指甲生长可能受到多种因素的影响，包括遗传、营养不良、药物副作用等。这些因素可能导致指甲生长不均匀，从而导致凹陷。

2. 指甲营养不良：指甲的生长需要充足的营养供应。如果你的饮食中缺乏重要的营养物质，如维生素B、铁、锌等，可能会导致指甲生长不良，从而出现凹陷。

3. 指甲外伤：如果你的指甲曾经受到过外伤，如被门夹、被重物压住等，可能会导致指甲表面受损，从而出现凹陷。

4. 指甲真菌感染：指甲真菌感染（如灰指甲）可能导致指甲表面受损，从而出现凹陷。

如果你的指甲凹陷持续存在，建议你咨询专业医生或皮肤科医生，以获取更准确的诊断和治疗建议。