有心室流出道梗阻的患者由于表现出特征性临床症状，因此诊断并不复杂。超声心动图检查是一种非常重要的无创性诊断方法，对于梗阻性和非梗阻性患者都具有帮助。当室间隔厚度≥18mm并且存在二尖瓣在收缩期前移时，就足以区分梗阻性和非梗阻性病例。心导管检查能够通过显示左心室流出道压力差来确立诊断，而心室造影也对诊断有一定的价值。

在临床上，如果在胸骨下段左缘出现收缩期杂音，应该考虑到可能是本病。通过观察杂音在进行生理动作或药物作用后的改变，有助于诊断。此外，还需要进行以下鉴别诊断：

1. 心室间隔缺损：收缩期杂音的部位相近，但是为全收缩期，心尖区通常没有杂音。超声心动图、心导管检查和心血管造影可以用于区别。

2. 主动脉瓣狭窄：症状和杂音的性质相似，但是杂音的部位较高，通常伴有主动脉瓣区收缩期喷射音，第二心音减弱，还可能有舒张早期杂音。X线检查显示升主动脉扩张。生理动作或药物对杂音的影响不大。左心导管检查显示存在于主动脉瓣前后的收缩期压力差。超声心动图可以明确病变的部位。

3. 风湿性二尖瓣关闭不全：杂音相似，但通常为全收缩期，血管收缩药或下蹲会使杂音加强，常伴有心房颤动，左心房较大，超声心动图不显示室间隔缺损。

4. 冠心病：心绞痛、心电图上ST-T改变与异常Q波为二者共有，但冠心病没有特征性杂音，主动脉多增宽或有钙化，高血压及高血脂较常见；超声心动图上室间隔不增厚，但可能有节段性室壁运动异常。