难治性便秘的检查方法可以包括以下几个方面：

1. 病史和症状评估：医生会详细询问病史，包括便秘的症状、频率、持续时间、排便困难程度等。此外，医生还会了解患者的饮食、生活习惯、药物使用情况等。

2. 体格检查：医生会检查患者的腹部，包括腹部触诊、肛门指诊等，以了解便秘的程度和可能存在的器质性病变。

3. 实验室检查：包括血液检查、粪便检查等。血液检查可以评估电解质、血糖、肝功能等指标，粪便检查可以检测粪便中是否存在异常的细胞、细菌或寄生虫等。

4. 影像学检查：如X线、CT、MRI等，可以观察肠道结构、肿瘤等。

5. 结肠镜检查：这是诊断便秘的金标准，可以直接观察肠道黏膜、息肉、肿瘤等病变。

6. 直肠指诊：医生将一根手指插入肛门，检查直肠壁的弹性、硬度、有无异常等。

7. 肛门直肠测压：通过测量肛门和直肠的压力，了解肛门和直肠的收缩功能。

总之，检查方法的选择取决于患者的具体情况，医生会根据病史、症状、体格检查等综合分析，选择合适的检查方法。