肛瘘的检查方法主要包括以下几种：

1. 外部检查：医生通过外部检查可以观察肛门周围的情况，包括肛门直肠区域的颜色、大小、形态等。

2. 肛门镜检查：肛门镜是一种用于肛门检查的专业设备，医生通过肛门镜可以观察到肛门内部的情况，如直肠黏膜是否受损、是否有脓液等。

3. CT扫描：CT扫描是一种无创性的检查方法，可以清晰地显示肛门周围的组织结构和病变情况。

4. MRI检查：MRI是一种无创性的检查方法，可以清晰地显示肛门周围的组织结构和病变情况。

5. 血液检查：医生会对患者进行血液检查，包括白细胞计数、C反应蛋白等指标，以了解患者的免疫系统状况。

6. 尿液检查：医生会对患者进行尿液检查，以了解患者的肾脏功能是否受损。

7. 超声波检查：超声波检查是一种无创性的检查方法，可以清晰地显示肛门周围的组织结构和病变情况。

需要注意的是，不同类型的肛瘘病情不同，选择合适的检查方法也需要根据具体情况而定。建议在医生指导下进行相关检查。