脸上长了扁平疣是一种常见的皮肤病变，通常可以通过以下方法进行治疗：

1. 外用药物：外用药物如维A酸类药物（如阿达帕林、异维A酸）可以帮助促进扁平疣的消退。这些药物通常需要医生处方，并在医生的指导下使用。

2. 冷冻疗法：冷冻疗法是一种简单而有效的治疗方法。医生使用液氮或二氧化碳冷冻扁平疣，以破坏疣体。这种治疗方法通常需要多次进行，以使扁平疣完全消退。

3. 激光治疗：激光治疗也是一种常见的治疗方法。医生使用特定波长的激光来破坏扁平疣的细胞结构，从而促进其消退。

4. 局部注射药物：局部注射药物如干扰素α-2b或聚肌苷酸可以帮助促进扁平疣的消退。这些药物通常需要医生处方，并在医生的指导下使用。

5. 手术切除：对于一些顽固的扁平疣，手术切除可能是一个选择。医生使用手术刀或激光将扁平疣切除，以促进其消退。

请注意，治疗方法的选择可能因个体差异而有所不同。在进行任何治疗之前，建议咨询医生以获取个性化的建议和治疗方案。