主动脉窦动脉瘤扩张后可能导致右心室流出道梗塞。一旦发生破裂，主动脉血液将逆流至右心腔，形成左向右的分流。右心负担的增加取决于破口的大小。分流量较大者可能导致肺动脉高压和右心衰竭。由于心房压力降低，流入右心房的破口会增加分流量，更容易引发右心衰竭。

主动脉瓣窦动脉瘤破裂通常会进入右侧低压心腔，血液从高压的主动脉分流至低压的右心室，形成大量的左向右分流。这导致肺循环血流量增加，右心室负荷加重，从而导致右心室扩大、肺动脉高压和右心衰竭。如果主动脉瓣窦动脉瘤破裂进入右心房腔，会显著增加右心房压力，使右心房扩大，上、下腔静脉血液回流受阻，出现右心衰竭症状。而如果破裂进入心包腔，则会导致急性心脏压塞，可能致命。该病的进展取决于破口的大小，破口越大，左向右分流量越多，症状越早出现，病情进展越快。

主动脉瓣窦动脉瘤常常伴随其他心脏畸形，最常见的是合并室间隔缺损（约占40%～50%），这会进一步增加左右心室的负荷。同时，常见的合并症还包括主动脉瓣关闭不全、肺动脉口狭窄、主动脉缩窄和动脉导管未闭等。