肠结核在早期通常由于症状不明显或缺乏特征性而容易被漏诊，但对典型病例的诊断通常并不困难。以下几点可作为诊断肠结核的依据。

诊断方法一：存在消化道症状，如腹泻、腹痛、便秘，并伴有发热、盗汗等全身症状。

诊断方法二：腹部检查发现右下腹压痛，或伴有包块，或出现原因不明的肠梗阻。

诊断方法三：青壮年患者，有肠外结核病史，特别是与开放性肺结核患者有密切接触者。

诊断方法四：血液检查显示中度贫血，正常白细胞计数，淋巴细胞增高，以及血沉明显增高。

诊断方法五：X线检查显示钡剂在病变肠段呈激惹征象，排空迅速，充盈不佳。在病变上下肠段的钡剂充盈良好，回肠末段可见钡剂潴留积滞。病变肠道如能充盈，可见黏膜皱襞粗乱，肠壁边缘不规则，有时呈锯齿状。还可观察到肠腔变窄，肠段收缩变形，回肠盲肠正常角度消失。

诊断方法六：纤维结肠镜检查通常不作为常规检查。但如果病变涉及上段结肠，为了明确溃疡的性质与范围，则对诊断与鉴别诊断有很大帮助。

诊断方法七：粪便检查显示粪便多为糊样，一般不含黏液或脓血。常规镜检可见少量脓细胞和红细胞。粪便浓缩找结核杆菌，阳性者有助于肠结核的诊断，但仅在痰液检查阴性者才有意义。

此外，在本病的早期，由于症状多不明显，诊断常有困难，有时X线检查也呈阴性。因此，在怀疑为肠结核的患者中，应定期随诊或进行诊断性抗结核治疗。