生殖器疱疹是一种由疱疹病毒引起的性传播疾病，其治疗效果不佳的原因有以下几个方面：

1. 复发率高：生殖器疱疹虽然可以通过药物治疗控制病情，但是患者在治疗期间仍有复发的风险。此外，如果患者没有按照医生的建议正确使用药物或不能坚持长期治疗，复发率也会进一步增加。

2. 症状反复出现：生殖器疱疹的症状往往会反复出现，而且可能会出现新的症状。这就导致了治疗效果不佳的问题。

3. 治疗难度大：生殖器疱疹病毒在人体内繁殖迅速，治疗难度大。同时，不同类型的疱疹病毒对于药物的敏感性也不同，因此需要根据具体情况选择合适的药物进行治疗。

4. 社交障碍：生殖器疱疹患者在治疗期间可能会受到社交压力和心理压力的影响，这也会影响其治疗效果。

综上所述，生殖器疱疹的治疗效果不佳主要是由于复发率高、症状反复出现、治疗难度大和社交障碍等多种因素造成的。