多囊卵巢综合征（PCOS）和卵巢囊肿是两个不同的疾病，它们之间有一些区别。

首先，多囊卵巢综合征是一种常见的内分泌失调疾病，其主要特征是月经周期不规律、雄激素水平升高、肥胖等。而卵巢囊肿则是一种常见的妇科疾病，其主要特征是子宫内膜异位症、痛经等。

其次，多囊卵巢综合征的发病机制与其他内分泌失调疾病不同，包括卵巢功能紊乱、胰岛素抵抗等。而卵巢囊肿的发生可能与遗传、环境因素等有关。

最后，治疗方法也有所不同。对于多囊卵巢综合征，通常需要通过药物治疗和生活方式改变来控制症状；而对于卵巢囊肿，则需要进行手术治疗或保守治疗。

总之，虽然这两种疾病都涉及到内分泌失调和妇科问题，但它们的病因和治疗方法存在一定差异。