输尿管结石疼痛的原因主要有以下几个方面：

1. 结石移动：输尿管结石在移动时可能会引起疼痛，因为结石在移动时会与输尿管内壁摩擦，刺激神经末梢，引起疼痛。

2. 结石阻塞：当输尿管结石阻塞输尿管时，尿液无法顺利排出，导致尿液潴留，引起疼痛。

3. 感染：输尿管结石感染可能会引起疼痛，因为感染会引起炎症反应，刺激神经末梢，引起疼痛。

4. 结石破裂：输尿管结石破裂时，可能会引起剧烈的疼痛，因为破裂的结石碎片可能会刺激输尿管内壁，引起疼痛。

5. 疼痛传导：疼痛的感觉可以通过神经传导到大脑，引起疼痛的感觉。

总之，输尿管结石疼痛的原因是多方面的，具体疼痛的程度和持续时间可能会因个体差异而有所不同。如果出现输尿管结石疼痛，建议及时就医，以便进行进一步的诊断和治疗。