生殖器疱疹通常呈现为原发和复发两种不同的临床症状。原发病例指的是初次感染病毒，通常在接触后的2-10天内发病，即潜伏期。最初感觉到灼热感，接着出现红斑，之后会出现3-10个成簇的红色丘疹，伴有瘙痒感。这些丘疹迅速演变成小水泡，3-5天后变成脓疱，然后破裂成溃疡和糜烂，伴随着疼痛感，最后结痂愈合。整个病程通常持续约20天左右。在男性，常见发病部位包括龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊以及大腿和臂部等。而女性则更容易在阴唇、阴阜、阴蒂、肛周或阴道出现症状。大约90%的感染者，病毒可能同时侵袭子宫颈，导致阴道分泌物增多或下腹痛，并可能引发宫颈炎和子宫炎。大多数男性和女性患者会出现双侧腹股沟淋巴结肿大的症状。炎症晚期波及尿道和膀胱时，可能出现排尿困难、尿痛、尿频，严重情况下可发生尿潴留等问题。此外，还可能出现其他症状，例如发热、全身不适、头痛、颈项强直、脑膜炎以及骶部神经系统功能异常。

生殖器疱疹在女性中的发病率高于男性，并且女性患者通常症状更为严重。约有10%的患者同时伴有咽炎，而10%的男性和26%的女性原发性生殖器疱疹患者除了生殖器部位的病损外，在手臂和手指上也常见其他病损。这些病损通常出现在感染的生殖器区域痊愈后的第二周，很可能是病毒在原始感染部位再次复发所致。

患有生殖器疱疹的患者中，男性同性恋者可能出现Ⅱ型疱疹病毒引起的肛门直肠感染，其发病率仅次于由淋球菌引起的男性肛门直肠炎。这种情况下，患者通常会出现肛门直肠疼痛、便秘、脓液排出以及里急后重，肛门可能会有水泡和溃疡。

复发性生殖器疱疹通常在原发感染后的1-4个月内发生。第一次感染Ⅱ型疱疹病毒后，将近60%的患者会有复发症状，第一年可能会复发4-6次，之后复发次数会减少。相较于原发感染，复发病患的全身症状较轻，每次发作的持续时间也更短，皮肤损伤通常在10天左右自愈。有研究者指出，Ⅰ型疱疹病毒感染后只有14%出现复发症状，远低于Ⅱ型疱疹病毒感染的复发率。复发通常发生在原发部位，但水泡数量、持续时间和症状感知都较原发感染轻微，淋巴结不会肿大，全身症状也很少见。复发性生殖器疱疹常见于外阴、阴道、宫颈和龟头等部位，而尿道的发病较为罕见。由于复发性生殖器疱疹反复发作且难以控制，有时疼痛严重等原因会加重患者的心理负担，出现心理障碍，如恐惧罹患癌症、害怕传染给性伴侣、回避性生活、不愿与性伴侣亲密接触，导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至引发抑郁症。