先天性巨结肠是一种罕见的肠道疾病，其并发症可能包括：

1. 肠梗阻：由于巨结肠导致肠道扩张，可能导致肠梗阻，即肠道中的食物或液体无法正常通过。

2. 肠穿孔：由于肠道扩张，可能导致肠道壁破裂，形成肠穿孔。

3. 肠出血：由于肠道扩张和炎症，可能导致肠道出血。

4. 营养不良：由于肠道功能受损，可能导致营养吸收不良，引起营养不良。

5. 感染：由于肠道扩张和炎症，可能导致感染，如细菌感染、真菌感染等。

6. 贫血：由于肠道吸收营养不良，可能导致贫血。

7. 消化不良：由于肠道功能受损，可能导致消化不良，如恶心、呕吐、腹泻等。

8. 神经系统问题：由于巨结肠可能导致肠道扩张，可能引起神经系统问题，如腹痛、便秘、腹泻等。

这些并发症的出现可能与巨结肠的病情严重程度有关，因此及早诊断和治疗非常重要。