慢性结肠炎是一种慢性炎症性疾病，治疗慢性结肠炎的药物主要包括以下几种：

1. 抗生素：慢性结肠炎常常与细菌感染有关，因此抗生素是治疗慢性结肠炎的重要药物。常用的抗生素包括大环内酯类（如阿奇霉素、克拉霉素）、四环素类（如米诺环素）等。

2. 免疫调节剂：慢性结肠炎与免疫系统异常有关，因此免疫调节剂也是治疗慢性结肠炎的药物之一。常用的免疫调节剂包括5-氨基水杨酸（5-ASA）、柳氮磺胺吡啶（sulfasalazine）等。

3. 糖皮质激素：糖皮质激素可以减轻炎症反应，对于严重的慢性结肠炎患者，糖皮质激素可能是必要的治疗药物。常用的糖皮质激素包括泼尼松、泼尼松龙等。

4. 肠道黏膜保护剂：肠道黏膜保护剂可以减轻炎症反应，保护肠道黏膜。常用的肠道黏膜保护剂包括硫糖铝、酞胺类等。

5. 肠道菌群调节剂：肠道菌群失调可能与慢性结肠炎有关，因此肠道菌群调节剂也是治疗慢性结肠炎的药物之一。常用的肠道菌群调节剂包括益生菌、益生元等。

需要注意的是，治疗慢性结肠炎的药物选择应根据患者的具体病情和医生的建议进行。在治疗过程中，患者应密切关注病情变化，并定期复诊。