怀孕初期半夜肚子疼醒可能是由于多种原因引起的。以下是一些可能的解释：

1. 子宫收缩：怀孕初期，子宫会开始扩张以容纳胎儿。这可能会导致子宫收缩，引起轻微的疼痛。这种疼痛通常不会持续很长时间，也不会非常剧烈。

2. 子宫韧带拉伸：怀孕初期，子宫韧带会拉伸以适应子宫扩张。这可能会引起轻微的疼痛，类似于月经痛的感觉。这种疼痛通常不会持续很长时间。

3. 消化问题：怀孕初期，子宫扩张可能会压迫到消化系统，引起消化问题，如胃酸倒流、胃灼热等。这些问题可能会导致肚子疼。

4. 子宫内膜异位症：怀孕初期，子宫内膜异位症可能会引起子宫内膜异位，导致子宫疼痛。这种疼痛可能会在半夜发作，因为子宫内膜异位症在夜间可能会加重。

如果你的肚子疼持续存在或非常剧烈，建议咨询医生以获取更准确的诊断和治疗建议。