5岁女童患先天性巨大色素痣可能是由于多种因素引起的。以下是一些可能的解释：

1. 遗传因素：先天性巨大色素痣可能是由遗传因素引起的。这可能是由于父母或近亲患有类似的疾病，或者由于基因突变导致的。

2. 胚胎发育异常：在胚胎发育过程中，可能出现了一些异常，导致色素痣的形成。这可能与胚胎的细胞分化、组织形成和发育有关。

3. 免疫系统异常：某些先天性巨大色素痣可能是由于免疫系统异常引起的。这可能是由于免疫系统对黑色素细胞或其他组织产生了异常反应，导致色素痣的形成。

4. 环境因素：某些先天性巨大色素痣可能是由环境因素引起的。这可能包括暴露于某些化学物质、药物、放射线或病毒等。

5. 遗传突变与疾病：某些先天性巨大色素痣可能是与某些遗传突变相关的疾病。这些疾病可能与色素痣的形成有关，也可能导致其他健康问题。

需要指出的是，先天性巨大色素痣的病因可能因个体而异，因此具体的病因可能需要进一步的检查和评估。如果您有关于5岁女童先天性巨大色素痣的具体情况，建议您咨询专业医生以获取更详细的信息和建议。