拉肚子时肚子疼可能是由于多种原因引起的。以下是一些可能的原因：

1. 消化系统问题：拉肚子时肚子疼可能是由于消化系统问题引起的。例如，胃肠道感染（如细菌感染）、炎症性肠病（如克罗恩病和溃疡性结肠炎）、消化性溃疡、肠道痉挛等。这些问题可能导致肠道炎症和肠道痉挛，从而引起肚子疼。

2. 消化不良：消化不良是指胃肠道不能正常消化食物，导致食物在肠道内停留时间过长。这可能导致肠道菌群失衡、肠道蠕动异常、肠道炎症等，进而引起肚子疼。

3. 食物过敏或食物不耐受：某些人可能对某些食物过敏或不耐受，导致肠道炎症和肠道痉挛。这种情况通常发生在消化系统敏感的人身上，例如患有肠易激综合征（IBS）的人。

4. 功能性胃肠病：功能性胃肠病（Functional Gastrointestinal Disorders，FGIDs）是一种常见的消化系统疾病，主要表现为胃肠道症状，如肚子疼、腹泻、便秘等。这些症状可能与心理因素、胃肠道炎症、肠道菌群失衡等因素有关。

5. 其他原因：其他可能导致拉肚子时肚子疼的原因包括：感染性腹泻、药物副作用、肠道寄生虫感染、肠梗阻等。

如果你经常出现拉肚子时肚子疼的情况，建议咨询医生进行进一步的检查和诊断。医生可以通过详细的病史、体格检查、实验室检查和影像学检查等来确定具体的病因，并制定相应的治疗方案。