肛瘘手术后的遗症可能包括：

1. 疼痛：手术后可能会出现疼痛，这可能是由于手术切口的疼痛、伤口愈合的疼痛，以及术后恢复期的疼痛。

2. 感染：手术后可能会发生感染，尤其是在伤口愈合期间。这可能会导致疼痛、发热、红肿等症状。

3. 伤口愈合延迟：手术后伤口愈合的时间可能会延长，这可能是由于手术创伤、手术感染、手术并发症等因素导致的。

4. 肛门失禁：手术后可能会出现肛门失禁，这可能是由于手术创伤、手术感染、手术并发症等因素导致的。

5. 肛门狭窄：手术后可能会出现肛门狭窄，这可能是由于手术创伤、手术感染、手术并发症等因素导致的。

6. 肛门功能障碍：手术后可能会出现肛门功能障碍，如肛门排气不畅、排便困难等。

7. 术后疼痛持续：手术后可能会出现疼痛持续，这可能是由于手术创伤、手术感染、手术并发症等因素导致的。

需要提醒的是，每个人的术后恢复情况可能会有所不同，具体情况可能需要根据个人情况进行评估和处理。建议患者在术后定期复诊，并与医生进行沟通，以便及时发现和处理任何可能的并发症。