典型病例的诊断通常不太困难。然而，在疾病的早期阶段，由于症状不太明显或缺乏特征性，容易出现漏诊的情况。以下几点可作为诊断该病的依据：

一、青壮年患者出现长期发热、盗汗、腹痛、腹泻（或便秘）等临床表现。

二、肺结核或其他肠外结核患者原病灶已好转，但消化道症状和结核毒血症状反而加重。

三、右下腹出现肿块伴有压痛，或出现原因不明的不完全性肠梗阻表现。

四、胃肠X线检查显示回盲部有激惹、钡剂充盈缺损或狭窄征象。

对于疑似患有肠结核的患者，在初步排除相关疾病后，若仍然难以确诊，可尝试给予抗结核药物治疗两周，观察疗效，以帮助进行诊断。

需要注意的是，该病需要与以下几种疾病进行鉴别：

一、克隆病：克隆病的临床表现和X线征象与肠结核非常相似，但可通过以下几点协助诊断：①患者无肺结核或肠外结核病史；②病程较长，未经抗结核治疗可出现间断缓解；③粪便及其他体液检查无结核菌；④X线检查可见回肠未端为主的病变，多段肠曲受累，呈节段性分布；⑤并发症如肠梗阻、粪瘘较肠结核更为多见；⑥切除病变肠段作病理检查无干酪样坏死，镜检及动物接种均无结核杆菌。

二、右侧结肠癌：发病年龄多为40岁以上中老年人；无结核毒血症及结核病史；病情进行性加重，全身症状明显；腹部肿块出现时稍大、无压痛，表面坚硬，结节感明显；X线检查主要有钡剂充盈缺损，病变局限，不累及回肠；肠梗阻较早、较多出现；纤维结肠镜检可见肿瘤，活检可确诊。在临床上，结肠癌的发病率较肠结核为高。

三、阿米巴或血吸虫病性肉芽肿：这两种疾病可形成肉芽肿病变，鉴别诊断时应注意无结核病史，脓血便较常见，粪便中发现有关的病原体，直肠及结肠镜检可确诊，对应的特异性治疗有效。

四、其他疾病：除上述疾病外，肠结核还需与腹型淋巴瘤、肠放线菌病等进行鉴别，具体症状为主要表现的情况需要注意与急性阑尾炎、消化性溃疡、慢性胆囊炎等进行区分，有稽留高热者需排除伤寒。