5岁女童患先天性巨大色素痣可能是由于多种因素引起的。以下是一些可能的原因：

1. 遗传因素：先天性巨大色素痣可能是由遗传因素引起的。如果女童的父母或近亲患有类似的疾病，那么她患这种疾病的可能性就会增加。

2. 胚胎发育异常：在胎儿发育过程中，如果某些关键发育阶段出现异常，可能会导致色素痣的形成。这可能与胚胎发育过程中的细胞分化和增殖异常有关。

3. 环境因素：某些环境因素也可能与色素痣的形成有关。例如，母亲在怀孕期间暴露于某些化学物质或药物，可能会对胎儿的发育产生不良影响，从而导致色素痣的形成。

4. 免疫系统异常：某些免疫系统异常也可能与色素痣的形成有关。例如，某些免疫系统疾病可能导致皮肤组织异常，从而导致色素痣的形成。

5. 其他疾病：某些其他疾病也可能与色素痣的形成有关。例如，某些皮肤病可能与色素痣的形成有关。

总之，5岁女童患先天性巨大色素痣可能是由多种因素引起的。为了确定具体的病因，可能需要进行详细的临床检查和遗传分析。