圆形糠秕孢子菌是导致花斑癣的致病菌，它属于条件致病菌。当皮肤过度出汗、卫生条件差、长期使用皮质类固醇激素或患有消耗性疾病时，该菌可以从酵母型转变为致病性菌丝型，导致皮肤发生病变。病原菌被称为糠秕马拉色菌，或者花斑癣菌，它是人体皮肤的正常菌群。有报道称在92%的正常人的头皮上发现该菌，其他部位如背部、躯干、四肢和面部也会携带该菌。儿童带菌率与年龄有关，年龄越大，带菌率越高。花斑癣菌通常存在于皮肤角质层的表面，以孢子形态存在。在某些条件下，它会从孢子相转变为菌丝相，并具有传染力，侵犯周围组织并引起损害。诱发因素包括全身或局部使用皮质激素、皮肤使用油脂类制剂、慢性感染、营养不良、细胞外糖原沉积和家族遗传等，但临床上最常见的因素是高温和多汗。

花斑癣在全球范围内分布广泛，在温带地区常见于夏秋季，而在热带和亚热带地区则特别流行。墨西哥、印度、古巴等许多国家的居民患病率高达50%。在中国，南方的发病率高于北方，患者多为成年人，男性多于女性。花斑癣主要通过直接或间接接触传播，不会感染动物。

花斑癣菌有嗜脂性，因此皮肤损害多发生在皮脂腺丰富的部位。花斑癣菌能产生一种对黑素细胞具有抑制和毒性作用的二羟酸，导致花斑癣损害呈现色素减退的特征。另外，有人认为花斑癣菌及其代谢产物能阻止阳光透入局部皮肤，从而干扰了局部皮肤黑素的形成。

人体皮肤中可以分离出两种形态的花斑癣菌，分别被称为正圆形糠秕孢子菌和卵圆形糠秕孢子菌，一般认为它们是同一种菌的不同名称。