传统疗法治疗扁平疣的弊端主要包括以下几个方面：

1. 耗时长：传统疗法治疗扁平疣通常需要较长的治疗时间，可能需要数周甚至数月才能看到明显的效果。

2. 复发率高：传统疗法治疗扁平疣虽然可以控制病情，但复发率较高，可能需要多次治疗才能达到理想的效果。

3. 副作用大：一些传统疗法治疗扁平疣的药物可能存在一定的副作用，如皮肤过敏、皮肤干燥等。

4. 治疗效果有限：一些传统疗法治疗扁平疣的药物可能只能控制病情，而不能完全治愈，患者可能需要长期治疗。

5. 费用高昂：传统疗法治疗扁平疣的费用较高，可能对一些患者造成经济负担。

总之，传统疗法治疗扁平疣的弊端包括治疗时间长、复发率高、副作用大、治疗效果有限以及费用高昂。因此，患者在选择治疗方法时，可以综合考虑这些因素，选择适合自己的治疗方案。