自然流产是指妊娠早期（12周以内）的流产，通常分为完全流产和不完全流产。判断自然流产是否流干净，可以通过以下几个方面进行评估：

1. 观察出血情况：自然流产后，子宫内膜脱落，可能会导致少量的出血，通常持续时间较短，颜色为鲜红色或暗红色。如果出血量过多、持续时间过长，或者伴有其他异常症状，可能提示流产不完全。

2. 观察阴道分泌物：自然流产后，阴道分泌物可能会增多，颜色为粉红色或褐色。如果分泌物量过多、持续时间过长，或者伴有其他异常症状，可能提示流产不完全。

3. 进行妇科检查：医生可以通过妇科检查，观察子宫内膜脱落的情况，以及子宫内膜厚度的变化。如果子宫内膜脱落不完全，或者子宫内膜厚度异常，可能提示流产不完全。

4. 进行超声检查：超声检查可以观察子宫内膜脱落的情况，以及子宫内膜厚度的变化。如果子宫内膜脱落不完全，或者子宫内膜厚度异常，可能提示流产不完全。

总之，判断自然流产是否流干净，需要综合考虑出血情况、阴道分泌物、妇科检查和超声检查等指标。如果怀疑流产不完全，建议及时就医，接受进一步的检查和治疗。