卵巢囊肿和巧克力囊肿都是卵巢组织的一种，但它们之间有一些区别。

首先，卵巢囊肿是指在卵巢内形成的液体或半固体物质，可能会导致不孕症、痛经等症状。而巧克力囊肿则是指在子宫内膜中形成的一种类似于巧克力的结构，通常不会引起任何症状。

其次，卵巢囊肿和巧克力囊肿的发生机制也不同。卵巢囊肿是由于卵巢内部出现了异常细胞或异常组织，而巧克力囊肿则是由于子宫内膜层出现了血管瘤等病变所致。

最后，治疗方法也有所不同。对于卵巢囊肿，医生可能会采用手术、药物治疗等方式进行治疗；而对于巧克力囊肿，则需要进行手术切除或其他治疗措施。

总之，虽然两者都是妇科疾病，但它们的发生机制和治疗方法存在差异。