人流后第三天小腹疼痛可能是子宫恢复过程中的正常现象，但也有可能是子宫复旧不全或感染引起的。以下是一些可能的解释和建议：

1. 子宫复旧不全：人流手术可能会导致子宫内膜损伤，导致子宫复旧不全。这种情况下，子宫内膜无法完全修复，可能会引起小腹疼痛。建议您咨询医生，进行子宫复旧情况的检查，如B超、子宫内膜厚度检查等。

2. 子宫感染：人流手术也可能导致子宫感染。感染可能引起小腹疼痛、发热、阴道分泌物增多等症状。建议您尽快就医，进行子宫感染的检查，如B超、子宫内膜厚度检查、细菌培养等。

3. 子宫痉挛：人流手术可能会引起子宫痉挛，导致小腹疼痛。这种情况下，疼痛可能会持续一段时间，并可能伴有恶心、呕吐等症状。建议您咨询医生，进行子宫痉挛的检查，如子宫收缩情况的评估等。

4. 其他原因：除了上述可能的原因，还可能有其他原因引起小腹疼痛，如子宫内膜异位症、子宫肌瘤等。建议您咨询医生，进行详细的检查和评估，以确定具体的病因。

总之，人流后第三天小腹疼痛可能是子宫恢复过程中的正常现象，但也可能是其他问题的表现。建议您及时就医，进行详细的检查和评估，以确定具体的病因，并接受相应的治疗。