治疗卵巢囊肿的医院选择因地区而异，以下是一些建议供您参考：

1. 公立医院：您可以咨询当地的三甲医院，如中国医学科学院肿瘤医院、北京协和医院等，这些医院在妇科肿瘤领域有较高的声誉和实力。

2. 专科医院：一些专科医院专注于妇科肿瘤的治疗，如中国医学科学院肿瘤医院、北京大学人民医院等，这些医院在卵巢囊肿治疗方面有丰富的经验和专业团队。

3. 私立医院：一些私立医院在妇科肿瘤治疗方面也有不错的口碑，如和睦家医院、上海交通大学医学院附属仁济医院等，这些医院通常提供个性化的治疗方案和优质的服务。

在选择医院时，您可以参考医院的专业资质、医生团队、治疗技术、患者评价等方面，以便做出更明智的选择。此外，您还可以咨询专业医生或医疗机构，获取更详细的建议和推荐。