一、克隆病

克隆病的临床表现和X线征象与肠结核极为相似，有时难以区分，但可以通过以下几点辅助诊断：①患者无肺结核或肠外结核病史；②病程通常更长，未经抗结核治疗可出现间断缓解；③粪便及其他体液及分泌物检查无结核菌；④X线检查显示病变主要集中在回肠末端，涉及多段肠曲，并呈节段性分布；⑤相较于肠结核，克隆病更容易出现肠梗阻、粪瘘等并发症；⑥切除病变肠段进行病理检查时，无干酪样坏死，镜检和动物接种均未发现结核杆菌。

二、右侧结肠癌

右侧结肠癌的发病年龄多为40岁以上的中老年人；②患者没有长期低热、盗汗等结核毒血症及结核病史；③病情呈进行性加重，伴有消瘦、苍白、无力等全身症状；④腹部肿块初现时稍大而可移动，无明显压痛，但相较于肠结核肿块，表面更坚硬，结节感更为明显；⑤X线检查主要表现为钡剂充盈缺损，病变局限，不涉及回肠；⑥较早、较多出现肠梗阻；⑦纤维结肠镜检查可见肿瘤，活检通常能确诊。在临床上，结肠癌的发病率较肠结核更高。

三、阿米巴或血吸虫病性肉芽肿

肠阿米巴或血吸虫病可形成肉芽肿病变，在鉴别诊断上需注意。该类疾病无结核病史，脓血便较为常见，粪便中可发现相关病原体，直肠及结肠镜检查常能证实诊断，特异性治疗有效。

四、其他疾病

除上述疾病外，肠结核还需与以下疾病进行鉴别：以腹痛、腹泻为主要表现者，应考虑与腹型淋巴瘤、肠放线菌病进行鉴别；以急性右下腹剧痛为主要表现者，需注意避免误诊为急性阑尾炎；以慢性腹痛波及上腹部者易与消化性溃疡、慢性胆囊炎混淆；有持续高热者需排除伤寒。