大拇指手指甲凹陷（incongruence）可能是多种原因导致的。以下是一些可能的原因：

1. 营养不良：缺乏维生素D、维生素B12或铁等营养物质可能导致指甲生长不良，进而出现凹陷。

2. 指甲生长异常：某些疾病或药物可能影响指甲的生长，导致指甲生长缓慢或生长不良，进而出现凹陷。

3. 指甲外伤：大拇指手指甲可能因外伤导致指甲受损，进而出现凹陷。

4. 指甲真菌感染：大拇指手指甲可能感染真菌，导致指甲变薄、脆弱，进而出现凹陷。

5. 指甲过度修剪：频繁过度修剪指甲可能导致指甲生长不足，进而出现凹陷。

如果你有上述症状，建议咨询医生进行进一步的检查和诊断。医生可能会进行血液检查、指甲检查、X光检查等，以确定具体的病因。治疗方法可能包括补充营养物质、使用抗真菌药物、避免过度修剪指甲等。