临床上，具有典型尿路感染的患者往往容易被诊断出来，因为他们表现出明显的尿路感染的症状，并且尿细菌学检查也呈阳性。然而，对于不典型的尿路感染病例来说，很容易出现误诊的情况。造成误诊的主要原因在于对这种疾病的复杂性和多样性认识不足，未能及时进行实验室检查，或者对实验室检查结果的意义理解不准确。因此，对于这类患者进行鉴别诊断显得尤为重要。在临床上，不典型的尿路感染病例占有相当大的比例，因此需要与其他疾病进行鉴别诊断。

(1) 与发热性疾病的鉴别：有些急性尿路感染的病人以发热为主症，而尿路刺激症状并不明显，这容易与发热性疾病混淆。病史的详细了解以及尿液检查的及时进行可以帮助进行鉴别诊断。

(2) 与腹部器官炎症的鉴别：一些尿路感染病例主要表现为腹痛、恶心、呕吐、发热，以及血白细胞数增高，容易被误诊为急性胃肠炎、阑尾炎、附件炎等。但只要及时进行尿液检查，就可以较容易进行鉴别。

(3) 与尿道综合征的鉴别：在有尿道症状的妇女中，大约70%的患者有脓尿和细菌尿，为真性尿路感染，而另外30%的患者，不是真正的尿路感染，而属于尿道综合征。这类病例在临床上常常容易被误诊为尿路感染。

(4) 尿路感染还应与肾结核、肾小球肾炎、前列腺炎等疾病鉴别，需要进行详细的检查和病史了解。