家族性肥厚型心肌病是一种遗传性疾病，其病因主要是基因突变导致肌节收缩蛋白的异常。该病呈现出家族性发病倾向，且常常与其他先天性心血管畸形合并。有些患者甚至在出生时就已经患上了这种病。研究发现，肥厚型心肌病患者的HLA抗原的遗传基因型与疾病发生密切相关。家族性病例通常以常染色体显性遗传方式传递，表现为心肌不对称性肥厚，且常常有梗阻症状。约有50%～55%的肥厚型心肌病患者有家族史，属于常染色体显性遗传病。孟教授发现，肥厚型心肌病患者普遍存在HLA-DRW4，Ag，B5抗原的异常。世界卫生组织和国际心脏协会心脏命名及分类专题委员会在1995年明确指出，家族性肥厚型心肌病是由肌节收缩蛋白基因突变所致。研究人员提出了一些假设来解释遗传缺陷引起发病的机制，包括儿茶酚胺与交感神经系统异常、胎儿期心肌发育异常、房室传导过速、胶原异常、心肌蛋白合成异常、小冠状动脉异常和室间隔的结构异常等。此外，临床研究和实验表明，肥厚型心肌病患者存在钙调节紊乱，尤其是心肌细胞内钙浓度的增加与心室舒张功能的异常有关。Wagner等研究发现，肥厚型心肌病患者心肌细胞内钙离子受体数量增加，这种现象不仅存在于肥厚的室间隔，还存在于厚度正常的右心房心肌，提示受体的增加可能是一种原发性缺陷。