1989年，Kuo等人建立了用于检测抗-HCV的放射免疫诊断(RIA)方法，随后Ortho公司成功研制出酶联免疫试验(ELISA)方法。这两种方法都利用了重组酵母表达的病毒抗原(C-100-3，为NS4编码的蛋白，含363个氨基酸)，将其纯化后包被于微量塑料板孔，然后加入被检血清。随后，该病毒抗原与被检血清中的抗-C-100结合，并加入同位素或酶标记的鼠抗人lgG单克隆抗体，再加入底物显色以判断结果。然而，酶联免疫试验法检测抗-C-100存在以下缺点：抗-C-100出现较晚，不宜作为急性丙型肝炎的常规实验室诊断；抗-C-100不是中和抗体，而是lgG抗体；本法检测不够灵敏，偶尔出现假阴性与假阳性结果。由于这些缺点，抗HCV阳性需作重组免疫印迹试验(RIBA)证实。

考虑到HCV核心抗体出现较早，最近美国推出了第二代酶联免疫试验(ELISA)方法来检测抗HCV。这种试剂盒采用HCVC区编码蛋白C-22-3和非结构区NS3编码蛋白C-33-3和C-100-3包被载体。使用这种方法检测抗HCV，其检出率可提高25～30%。此外，HDVcDNA/聚合酶链反应(RTPCR)也被用来测定肝和血清中的HCVRNA。由于肝和血清中HCVRNA出现较早，RT-PCR可以作为丙型肝炎的早期诊断和献血员筛查的指标，也可作为丙型肝炎预后的一个指标。