卵巢黄体囊肿和巧克力囊肿是两种不同的妇科疾病，它们之间有一些区别。

首先，卵巢黄体囊肿是一种常见的妇科疾病，通常发生在女性月经周期中的排卵期。它是由于卵巢内的黄体细胞过多而形成的一种囊肿。卵巢黄体囊肿通常不会对健康造成影响，但如果不及时治疗，可能会导致月经不调、疼痛等症状。

而巧克力囊肿则是一种罕见的妇科疾病，通常发生在年轻女性身上。它是由于子宫内膜异位症引起的一种囊肿。巧克力囊肿通常不会对健康造成影响，但如果不及时治疗，可能会导致疼痛、出血等症状。

因此，虽然这两种疾病都与卵巢和子宫有关，但它们的发生原因和临床表现有所不同。如果您怀疑自己患有这些疾病，请及时咨询医生进行诊断和治疗。