目前常用的治疗手段包括体外冲击波碎石术(ESWL)、经皮肾镜取石术(PNL)、输尿管软镜、腹腔镜取石术以及开放手术等。这些治疗方式都可供临床选择使用，但对于具体的患者而言，应根据结石在肾脏内的具体位置来选择治疗方式，以减小损伤并降低并发症发生率。

近20年来，随着泌尿外科手术治疗肾结石的成功经验不断积累，开放手术仅适用于一些特殊病例，尤其是那些需要同时进行解剖重建的结石患者。虽然腹腔镜取石手术在减轻手术损伤方面具有一定优势，但目前尚未成为治疗肾结石的标准手段。

由于ESWL具有创伤小、并发症少、无需麻醉等优点，已成为治疗直径≤20mm或表面积≤300mm2的肾结石的标准方法。对于体积较大的结石，虽然ESWL也能够成功碎石，但采用PNL能够更快更有效地碎石，需要强调PNL需要操作者具备相当的专业技术和经验。

ESWL治疗巨大肾结石的缺点是需要多次反复治疗，并容易导致结石碎片残留。因此，在选择治疗方式时应谨慎考虑，推荐对于这类患者采用PNL治疗。

残留的结石有可能发展为新的结石，但有报道认为这种风险相当低。对于治疗后仍有结石碎片残留的患者，应进行跟踪随访。

经皮穿刺介入治疗可以有效清除感染性结石的残留碎片，降低结石复发的风险。这种治疗手段也可作为胱氨酸结石的辅助治疗方式。

对于尿酸结石，口服溶石药物是首选的治疗措施。此外，碎石后进行溶石治疗可提高溶石速度，适用于较大的尿酸结石患者。