怀孕初期，孕酮（也叫黄体酮）的低水平可能是由于以下几个原因：

1. 黄体功能不足：黄体功能不足是指黄体分泌的孕酮不足，这可能是由于黄体发育不良、黄体功能不全或黄体萎缩过早。黄体功能不足可能导致孕酮水平低，进而影响怀孕。

2. 黄体期缩短：黄体期是指黄体发育成熟并维持黄体功能的一段时间。如果黄体期缩短，黄体分泌的孕酮量也会减少。黄体期缩短可能是由于黄体功能不全、黄体萎缩过早或黄体功能不足等原因。

3. 黄体功能障碍：黄体功能障碍是指黄体功能不足或黄体功能障碍，导致黄体分泌的孕酮量不足。黄体功能障碍可能是由于黄体发育不良、黄体功能不全或黄体萎缩过早等原因。

4. 其他疾病或药物影响：某些疾病或药物可能会影响孕酮的分泌，导致孕酮水平低。例如，卵巢功能不全、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减退症、某些药物（如避孕药、抗生素等）等都可能影响孕酮的分泌。

在怀孕初期，孕酮水平低可能与黄体功能不足、黄体期缩短、黄体功能障碍以及其他疾病或药物影响有关。为了确定具体的原因，建议咨询医生进行进一步的检查和诊断。