耶尔森菌小肠结肠炎是一种由耶尔森菌感染引起的胃肠道感染疾病。治疗耶尔森菌小肠结肠炎的药物选择通常基于以下几个方面：

1. 抗生素的选择：耶尔森菌对多种抗生素具有耐药性，因此选择适当的抗生素非常重要。常用的抗生素包括克拉霉素、亚胺培南、利福平、多西环素等。

2. 抗耶尔森菌感染的疗程：治疗耶尔森菌小肠结肠炎的疗程通常为7-14天，具体取决于感染的严重程度和患者的病情。

3. 抗生素的给药方式：抗生素的给药方式包括口服、静脉注射和肌肉注射等。具体的给药方式取决于患者的病情和医生的建议。

4. 联合用药：在某些情况下，医生可能会建议联合使用多种抗生素来治疗耶尔森菌小肠结肠炎。

总之，治疗耶尔森菌小肠结肠炎的药物选择应该综合考虑抗生素的选择、疗程、给药方式和联合用药等因素。具体的药物选择应该由医生根据患者的具体病情和细菌敏感性进行决定。