再障必须与以下疾病进行鉴别：

1. **阵发性睡眠性血红蛋白尿：** 特别是血红蛋白尿，容易被误诊为再障。该病罕见出血和感染，表现为网织红细胞增多、骨髓幼红细胞增生。尿液中存在铁血黄素，糖水试验和Ham试验呈阳性。成熟中性粒细胞碱性磷酸酶活力低于正常，这些特征有助于进行鉴别。

2. **骨髓增生异常综合征 (MDS)：** MDS被FAB协作组分为五型，其中难治性贫血型容易与典型再障混淆。虽然MDS患者可能有全血细胞减少，但骨髓中的三系细胞均呈增生状态，巨核细胞也增多。各系细胞可能出现病态造血，核型异常在20%～60%的病例中可见。骨髓组织切片检查可能显示"造血前驱细胞异常分布"。

3. **低增生性急性白血病：** 主要发生于老年人，病程缓慢或急进，肝、脾、淋巴结一般不肿大。外周血表现为全血细胞减少，原始细胞可能未见或仅偶尔可见。骨髓增生减低，但原始细胞百分比已达到白血病诊断标准。

4. **纯红细胞再生障碍性贫血：** 在再障危象和急性造血停滞的情况下，可表现为全血细胞减少，病程急速，具有明确的诱因，去除诱因后可自行缓解。在后者中，骨髓象中可能出现巨原红细胞。慢性获得性纯红再障，如果伴随着白细胞和血小板轻度减少，需要注意与慢性再障进行鉴别。