自然流产后肚子疼可能是由多种原因引起的。以下是一些可能的原因分析：

1. 子宫内膜脱落：自然流产后，子宫内膜会脱落，这可能导致子宫收缩，引起肚子疼。这种疼痛通常持续几天，并在子宫内膜脱落后逐渐消失。

2. 子宫痉挛：自然流产后，子宫可能会发生痉挛，导致子宫收缩。这种收缩可能会引起肚子疼，尤其是在子宫内膜脱落后。

3. 子宫内膜异位症：自然流产后，子宫内膜异位症可能会导致肚子疼。这种疼痛通常持续较长时间，并可能伴随着其他症状，如月经不调、盆腔疼痛等。

4. 子宫肌瘤：自然流产后，子宫肌瘤可能会引起肚子疼。这种疼痛通常是持续的，并且可能伴随着其他症状，如月经过多或经期延长。

5. 盆腔炎：自然流产后，盆腔炎也可能引起肚子疼。这种疼痛通常是持续的，并可能伴随着其他症状，如发热、阴道分泌物增多等。

如果肚子疼持续时间较长或伴随其他症状，建议咨询医生以获取更准确的诊断和治疗建议。