中度慢性萎缩性胃炎伴肠化是一种严重的胃肠道疾病，治疗方法通常包括以下几个方面：

1. 药物治疗：常用的药物包括质子泵抑制剂（如奥美拉唑、雷尼替丁）、抗酸剂（如铝碳酸镁）、抗生素（如克拉霉素、阿莫西林）等。这些药物可以减轻症状，促进胃黏膜修复。

2. 生活方式改变：饮食上应避免辛辣、油腻、刺激性食物，增加高纤维、易消化的食物摄入，如蔬菜、水果、全谷类等。同时，戒烟限酒，保持良好的饮食习惯和生活方式。

3. 手术治疗：对于严重的病例，可能需要手术治疗，如胃切除术、胃空肠吻合术等。

4. 心理治疗：慢性胃炎伴肠化可能与心理因素有关，如焦虑、抑郁等。因此，心理治疗也是治疗的重要组成部分。

5. 中药治疗：中药在治疗慢性胃炎伴肠化方面有一定疗效，如黄连、黄芩、枳壳等。

总之，治疗中度慢性萎缩性胃炎伴肠化需要综合考虑药物治疗、生活方式改变、手术治疗、心理治疗和中药治疗，以达到最佳的治疗效果。建议在医生的指导下进行治疗，定期复查，并保持良好的生活习惯。