肠结核的治疗目的是消除症状，改善全身情况，促使病灶愈合及防止并发症发生。早期病变是可逆的，因此应强调早期治疗。如果病程已至后期，即使给予合理足时的抗结核药物治疗，也难免发生并发症。

常见治疗方法包括休息与营养、抗结核化学药物治疗。

休息与营养方面，合理的休息与营养应作为治疗的基础，以增强机体的抵抗力。对活动性肠结核须卧床休息，积极改善营养，必要时宜给静脉内高营养治疗。

抗结核化学药物治疗方面，抗结核药物多达十几种，分为杀菌药和抑菌药两大类。一线药物有异烟肼，链霉素，对氨柳酸钠，氨硫脲等。药物临床运用应坚持早期，联用，适量，规律和全程使用敏感药物的原则。

化疗方案视病情轻重而定，过去一般以链霉素，异烟肼，对氨柳酸钠为首选，进行长程标准化疗，疗程在1～2年。目前为使患者早日康复，防止耐药性的产生，多采用短程化疗，疗程为6～9个月，一般用异烟肼与利福平两种杀菌药联合。在治疗开始1～2周即有症状改善，食欲增加，体温与粪便性状趋于正常。对严重肠结核，或伴有严重肠外结核者宜加链霉素或吡嗪酰胺或乙胺丁醇联合使用，疗程同前。