巧克力囊肿是一种常见的子宫内膜异位症，可能会给女性带来以下一些麻烦：

1. 疼痛：巧克力囊肿可能会引起疼痛，包括月经期疼痛、性交疼痛、盆腔疼痛等。

2. 不孕：巧克力囊肿可能会导致输卵管阻塞，从而影响女性的生育能力。

3. 子宫内膜异位症：巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症，可能会导致子宫内膜在子宫外生长，引起疼痛、月经不调、不孕等问题。

4. 盆腔炎症：巧克力囊肿可能会引起盆腔炎症，包括盆腔炎、卵巢炎等。

5. 子宫内膜异位症并发症：巧克力囊肿可能会引起子宫内膜异位症的并发症，如子宫肌瘤、卵巢囊肿等。

6. 子宫内膜异位症手术：如果病情严重，可能需要进行手术治疗，如腹腔镜手术、子宫切除术等。

总之，巧克力囊肿可能会给女性带来一系列的麻烦，因此女性如果出现相关症状，应及时就医，进行检查和治疗。