输尿管结石碎石后仍有疼痛的原因可能有以下几种可能性：

1. 残留结石：碎石手术可能无法完全清除所有结石，残留的结石可能会引起疼痛。

2. 感染：碎石手术可能会导致尿道或肾脏的感染，从而引起疼痛。

3. 输尿管狭窄：碎石手术可能会导致输尿管狭窄，这可能会导致疼痛和排尿困难。

4. 输尿管痉挛：碎石手术可能会导致输尿管痉挛，这可能会导致疼痛和排尿困难。

5. 术后疼痛反应：每个人对疼痛的敏感度和反应都不同，有些人可能会对碎石手术后的疼痛产生反应。

如果你有疼痛症状，建议尽快咨询医生，进行进一步的检查和治疗。医生可能会建议进行尿路造影、超声检查或CT扫描等检查，以确定疼痛的具体原因，并制定相应的治疗方案。