肾囊肿的鉴别诊断方法主要包括以下几个方面：

1. 病史和体格检查：了解患者的病史，包括症状、家族史等，并进行体格检查，包括听诊肾脏有无异常，检查肾脏大小、形态等。

2. 影像学检查：包括B超、CT、MRI等。B超是最常用的检查方法，可以显示肾脏大小、形态、内部结构等。CT和MRI可以提供更详细的图像，有助于确定囊肿的类型和大小。

3. 尿液检查：包括尿常规、尿沉渣检查等。尿常规可以检查尿液的pH值、尿比重、红细胞等，有助于排除其他肾脏疾病。尿沉渣检查可以观察肾脏的脱落细胞和结晶等。

4. 肾脏穿刺活检：如果怀疑囊肿为恶性肿瘤，可以进行肾脏穿刺活检，以确定囊肿的性质。

5. 其他检查：如肾功能检查、肾脏血管造影等，可以进一步评估肾脏功能。

总之，肾囊肿的鉴别诊断方法需要综合考虑病史、体格检查、影像学检查、尿液检查和肾脏穿刺活检等，以确定囊肿的类型、大小和性质，并排除其他肾脏疾病。