巧克力囊肿是一种常见的妇科疾病，通常不会对女性健康造成严重影响。但如果巧克力囊肿长时间未治疗，可能会导致以下一些并发症：

1. 囊肿破裂：如果巧克力囊肿较大或位于宫颈口附近，可能会导致破裂，从而引起感染或出血。

2. 子宫内膜异位症：如果巧克力囊肿在子宫内膜上生长，可能会导致子宫内膜异位症的发生，这是一种常见的妇科疾病，可能会引起疼痛、月经不调等症状。

3. 妊娠并发症：如果巧克力囊肿较大或位于宫颈口附近，可能会导致妊娠并发症，如胎盘早剥、流产等。

因此，如果您被诊断为患有巧克力囊肿，建议及时就医并接受治疗。治疗方法包括手术切除、药物治疗等。手术切除是最常见的治疗方法，可以完全清除囊肿并避免再次发生。药物治疗则是通过使用药物来控制症状和预防复发。