卵巢囊肿和巧克力囊肿是两种不同的妇科疾病，它们的区别主要在于囊肿的形成原因和症状表现。

卵巢囊肿

卵巢囊肿是女性生殖器官中常见的一种良性肿瘤，通常由卵巢内的卵泡或滤泡在月经周期中没有完全排出而形成。卵巢囊肿的症状包括：

1. 腹部不适或疼痛：囊肿可能会引起腹部不适或疼痛，尤其是在月经期间。
2. 月经异常：卵巢囊肿可能会导致月经周期异常，如月经过多、月经过少或月经周期延长。
3. 腹部肿块：卵巢囊肿可能会在腹部形成肿块，特别是在月经期间。

巧克力囊肿

巧克力囊肿是一种常见的子宫内膜异位症，其形成原因与卵巢囊肿不同。巧克力囊肿的症状包括：

1. 痛经：巧克力囊肿可能会引起严重的痛经，尤其在月经期间。
2. 性交疼痛：部分患者在性交时可能会感到疼痛。
3. 盆腔疼痛：巧克力囊肿可能会引起盆腔疼痛，尤其是在月经期间。

总结起来，卵巢囊肿和巧克力囊肿的主要区别在于囊肿的形成原因和症状表现。卵巢囊肿是由卵泡或滤泡在月经周期中没有完全排出而形成的，而巧克力囊肿则是子宫内膜异位症的一种表现形式。