典型病例的诊断通常不具有太大难度。然而，在疾病的早期阶段，由于症状不明显或缺乏特征性，容易导致漏诊。以下几点可作为诊断该病的依据：

一、青壮年患者出现长期发热、盗汗、腹痛、腹泻（或便秘）的临床表现。

二、肺结核或其他肠外结核患者原病灶已好转，但消化道症状和结核毒血症状反而加重。

三、右下腹肿块伴有压痛，或出现原因不明的不完全性肠梗阻表现。

四、胃肠X线检查显示回盲部有激惹、钡剂充盈缺损或狭窄征象。

对于怀疑患有肠结核的患者，在初步排除相关疾病后，若仍难以确诊，可考虑给予抗结核药物治疗两周，并观察疗效，以协助诊断。

在鉴别诊断中，应注意与以下疾病进行区分：

一、克隆病：该病的临床表现和X线征象与肠结核相似，但可通过以下几点协助诊断：①该病无肺结核或肠外结核病史。②病程一般更长，不经抗结核治疗可出现间断缓解。③粪便及其他体液检查无结核菌。④X线检查可见病变以回肠未端为主，有多段肠曲受累，并呈节段性分布。⑤肠梗阻、粪瘘等并发症较肠结核更为多见。⑥切除病变肠段作病理检查无干酪样坏死，镜检与动物接种均无结核杆菌。

二、右侧结肠癌：发病年龄多为40岁以上中老年人，无长期低热、盗汗等结核毒血症及结核病史。病情进行性加重，全身症状显著。腹部肿块出现时稍大且无压痛，但较肠结核肿块坚硬，结节感明显。X线检查主要表现为钡剂充盈缺损，病变局限，不累及回肠。肠梗阻较早、较多出现。纤维结肠镜检可见肿瘤，活检可确诊。在临床上，结肠癌的发病率较肠结核高。

三、阿米巴或血吸虫病性肉芽肿肠阿米巴或血吸虫病可形成肉芽肿病变，在鉴别诊断上应注意。该类疾病无结核病史，脓血便较常见，粪便中可发现有关的病原体，直肠及结肠镜检可证实诊断，相应的特异性治疗有效。

四、其他疾病：除上述疾病外，肠结核还应与腹型淋巴瘤、肠放线菌病等进行鉴别。以腹痛、腹泻为主要表现者需与消化性溃疡、慢性胆囊炎混淆。有稽留高热者需排除伤寒。