面肌痉挛的发病原因在现代医学和传统医学有不同的解释。

现代医学认为：

a) 大部分面肌痉挛患者是由于正常的血管交叉压迫引起的病理性干扰。例如，小脑后下动脉、小脑前下动脉、椎神经动脉的压迫可能导致面神经传导异常。偶尔，动脉瘤、动静脉畸形或脑瘤等压迫也可引起面肌痉挛。

b) 另一部分患者可能患有特发性面神经瘫痪，恢复后出现继发性的患侧面肌痉挛。这可能是因为面神经炎导致神经脱髓鞘，未能完全恢复正常。在这些情况下，仍存在部分的髓鞘脱失，导致面神经电传导易受泛化影响，或者面神经炎累及脑干内神经核团，形成类似癫痫的病灶，从而引发面部肌肉的发作性抽动。

c) 极少数患者可能是由外伤、肿瘤或外科手术后引起的患侧面肌痉挛。在这些情况下，可能是面神经恢复过程中与其他脑神经出现短路，导致其他神经兴奋时也出现一侧面部肌肉抽动。

传统医学的解释是：

面肌痉挛被认为是由于素体阴虚或体弱气虚引起阴虚、血少、筋脉失养或风寒上扰于面部而致。病位在面部阳经与肝、脾、肾、胆、胃等脏腑相关，病性可能为虚或实。面肌痉挛在中医学上属于“睥轮振跳”、“颜面抽搐”的范畴，多见于中老年人，并与精神因素、情志刺激有关。肝开窍于目，主筋；胞睑属脾，主肌肉；肝主疏泄、脾主运化。若肝脏疏泄功能失职、暗耗肝阴、或横侮脾土，可能导致肝用偏亢、肝风上扰。或者，风热之邪外侵，引动内风，客于肌腠，肝脾经络不通，肌肤失养，表现为筋惕肉或在眼、面部筋急抽搐、睥轮振跳等症状。